Создание города Малгобека связано с освоением Малгобек-Горского нефтяного месторождения, о котором было известно еще с 1915 г. Из-за Гражданской войны и последовавших затем экономических проблем освоение месторождения началось только в 1933 г. В 1939 г. рабочий поселок получил статус города.
Во время Великой Отечественной войны бои за Малгобек были особенно тяжелыми. Во-первых, немецкий штурм города начался 3 сентября 1942 г., а окончательно освобожден Малгобек был 3 января 1943 г., то есть основная часть боев пришлась на суровое осенне-зимнее время. Город находится в предгорьях, что осложняло возможность маневра войск. В итоге до полного освобождения Малгобек 14 раз переходил из рук в руки.